世界各地で次々と起こる科学サイドへのデモや抗議活動。学園都市への風当たりはさらに厳しいものとなっていた。緊迫する世界情勢の中、もうひとつの『脅威』が、学園都市を襲う。それは、酔っ払った御坂美鈴が学園都市の生徒を見つけて見境無く絡みまくる、という『無差別テロ』だった……!!　最初の犠牲者として選ばれたのは、不幸にも美鈴の顔に既視感を覚えた学園都市最強の能力者だった。その後も被害は拡大を続け、罪のないタクシー運転手の次に標的となった上条当麻は、酒臭い吐息だけでなく、インデックスの怒りを一身に浴びることに。そして、辛くも逃げおおせた最初の犠牲者――一方通行のもとに、学園都市の『上』から、とある情報がもたらされる。おふざけモードもここで終了。命の危機に直面した御坂美鈴を巡る戦いが、今、始まろうとしていた――。